comincia ad usare nella query la funzione LCASE() che ti cerca considerando la stringa come minuscola, e la funzione INSTR che ti ricerca nella stringa (anche LIKE va bene), per ex:

...WHERE INSTR(LCASE(comune),'".strtolower($comune)."')
Se nel menu c'è scritto PRA'GRANDE potresti eliminare gli accenti con un semplice str_replace("'", "", $valore)