Probabile che esista un altro servizio MySQL installato che utilizza la stessa porta. Controlla nei servizi e disattiva il processo errato. Poi, usando mysql administrator, puoi rimuovere completamente il servizio obsoleto.

Presta anche attenzione a dove e' collocato il file my.ini. In 4.1 dovrebbe essere nella cartella con mysql e non piu' in c:\windows, in windows se c'e' toglilo o rinominalo.

Verifica che nel my.ini che userai che i path descritti siano corretti.