1. usando flash dovro rinunciare a tutte le pagine in php e html attualmente presenti (oltre al guestbook...)?
Non dovrai rinunciare niente, anche perchè Flash da solo non può fare tutto. Dovrai comunque utilizzare il php per gestire quello che avviene dal lato server (guestbook, contatore visite, ...). All'html non puoi rinunciare; Flash sarà sempre in un codice html.
2. siccome mi spiacerebbe perdere il contatore che ho messo (... semplicemente x il numero d visite...), c'e' un modo x ricrearlo partendo dall' ultimo numero d visita e non da 0?
Hai due possibilità. O lasci il contatore che già hai (immagino che sia in php) nell'html/php della pagina, quindi al di fuori di Flash; o crei un contatore in Flash+php e lo fai partire dal numero che vuoi, dato che il numero sarà scritto in un file TXT.