nei 100 file includi il file core.php alla fine, e nel file core.php oltre alla definizione delle funzioni metti una loro invocazione...

se poi core.php è pieno di funzioni e alcune sono chiamate esplicitamente nei vari file... mentreuna vuoi che sia invocata solo a fine script... temo che sia un errore di progettazione

non mi risulta che ci siano una sorta di "istruzioni al precompilatore" o altri magheggi chepossano fare quello che chiedi...