Se il server non è tuo dubito che qualcuno ti dia l'autorizzazione di eseguire un .exe NON di sistema.
Anche nel caso il .exe si trovasse installato sul server occorre avere diritti speciali per lanciarlo, poco ma sicuro.
Nel senso che uno script non può fare danni, un eseguibile può fare cose terribili!!!
Questo è quello che immagino.

Se sei in locale non ci sono problemi.