non è sempre possibile richiamare uno script esterno tramite exec o system

è meglio sviluppare un sistema che lavora in maniera asincrona, magari usando un po di JS per dare all'utente una visione di quello che sta succedendo...come una barra di scorrimento o un qualcosa del genere

se usi una mail personalizzata, ovviamente, non puoi fare moltissimo, ma se la mail è sempre uguale puoi raggruppare ad es gli utenti a blocchi da 50 ed inviare la mail a tutti e 50 usando il BCC e poi passi ai 50 successivi