Che vuol dire quel "a-" nella funzione fopen ? Spero non sia quello che penso...

Fai così invece

codice:
$text  = file_get_contents($filename);

str_replace("messaggio da togliere","",$text);

file_put_contents($filename, $text);
Visto che file_get/put_contents esistono solo per PHP5 nelle altre versioni le devi implementare...

codice:
function file_get_contents($filename){
  if(!($hfile = fopen($filename, "r"))===FALSE){
      $content = fread($hfile, filesize($filename));
      fclose($hfile);
      return($content);
  }
  else{
     return(FALSE);
  }
}

function file_put_contents($filename){
  if(!($hfile = fopen($filename, "w"))===FALSE){
      fwrite($hfile, $content);
      fclose($hfile);
      return(TRUE);
  }
  else{
     return(FALSE);
  }
}