infatti non ha senso passare da stage3 a stage1: sono 2 modi diversi per installare gentoo e vanno bene entrambi.
l'unico vantaggio dello stage1 è quello di poter ottimizzare la compilazione con le flags desiderate, se vuoi solo aggiornare i pacchetti fai come ha detto andy nell'ultimo post

cmq in pratica lo stage1 in più dello stage3 fa solo il bootstrap e l'emerge system (che puoi dare tranquillamente anche adesso)