Beh Plasma era dedicato proprio al web, era una versione semplificata di 3ds max che esportava nativamente sia in .swf che in .w3d (per Director ad esempio)...però non è più sviluppato (per questo dicevo "era") , anche se magari su qualche sito lo trovi ancora.
Altro programmino che può andar bene per fare delle animazioni 3d per Flash è Swift3d, giunto alla versione 4.

Puoi comunque usare 3ds max o cinema 4d, però per poter esportare in .swf devi usare dei plugin, a quel che mi risulta (ne sono quasi sicuro per 3ds max, non sono sicuro per cinema 4d)