se vuoi realizzare un sistema di messaggi privati tipo il forum fai una tabella del databse così composta:

id del messaggio
id dell'utente mittente
id dell'utente ricevente
flag di lettura


ogni utente avrà una pagina "messaggi in uscita" in cui vedrà tutti i messaggi che avranno il suo id nel campo mittente, ed una "messaggi ricevuti" in cui vedrà tutti i messaggi che hanno il suo id nel campo ricevente... i messaggi non letti saranno evidenziati

semplice e veloce.. se non intendevi appunto una messaggiastica istantanea