Se ti è possibile, ripristina l'immagine di Windows con il tool dedicato, successivamente riprova a installare FedoraCore2 specificando il numero del cilindri, testine, settori del disco ove risiede Windows(hda è il disco master sul primo canale ide).

boot> linux hda=$CILINDRI,$TESTINE,$SETTORI

Se hai ancora fedora installata, puoi conoscere tali valori digitando il seguente comando da un terminale:

[sergio@winnie ~]$ cat /proc/ide/hda/geometry
physical 238216/16/63
logical 14946/255/63

I dati che ti interessano sono quelli in grassetto.
Quindi per installare fedora senza compromettere la tabella delle partizioni, al prompt del boot digita:
boot> linux hda=14946,255,63
Ovviamente con i dati relativi alla tua macchina.
Ho fatto questo tipo di installazione un paio di volte sia con Windows 2000 che XP ed ha funzionato egregiamente, spero con te faccia altrettanto.
Ricorda comunque di fare un buon backup dei tuoi dati, non posso ritenermi responsabile di qualunque danneggiamento.

ciao.