Cerchiamo di fare un po' di chiarezza...
Per quel che ne so (ma forse sbaglio):
1) si può includere files con qualsiasi estensione (io includo .html per coerenza, se il codice html che includo è corretto almeno ne sono sicuro)
2) si devono decidere le estensioni dei file che PHP (come modulo di Apache) deve parsare (che siano incluse o meno)
http://www.latoserver.it/php/estensioni/
http://www.latoserver.it/apache/ssi/