Per mettere un sito su di un cd, devi creare al filmato principale il relativo proiettore.

Basta che nelle impostazioni di pubblicazione spunti la relativa casellina (crea proiettore .exe) in questo modo non avrai nemmeno il problema che l'utente possieda o no il flash player perchè gia incorporato nel proiettore.
Poi ti crei l'autorun in modo che il cd parta in automatico.