potresti fare una cosa del genere leggendo i suggerimenti sopra riportati:

1.eseguire il dump da shell (vedi il comando mysqldump).
2.spedire il file di dump via ftp.
3.leggere tramite uno script php il file ed eseguire la sincronizzazione. (che a questo punto sarà in locale e non potrà andare in timeout.).

ciao