Dipende dal driver del lettore. Recentemente ho configurato un lettore USB, ma nel mio caso questo veniva fornito con un'apposito driver che permette di vedere la porta USB come una nuova COM.
Non so se è il tuo caso... Una volta collegato il lettore prova a vedere in Pannello di controllo\sistema\gestione periferiche se figura una porta COM che prima non c'era.

Siccome non ho tanto tempo e non credo che torenrò qui su HTML.it per oggi [edit]

Ciao
Simo