Credo che tu debba fare uso dei famosi metodi nativi. In pratica devi caricare in un blocco statico la libreria e dichiarare l'esistenza di un metodo (che viene fornito dalla libreria), che poi potrai utilizzare.
codice:
public class MiaClasse {
   static {
      System.loadLibrary("nomeLibreria");
   }

   public native tipo mioMetodo(parameteri);
}
Ciao.