Se sai usare i CSS, anche mettendolo in fondo non ti sconvolge la grafica: semplicemente carichi un pezzo alla fine e lo posizioni dove vuoi tu.

Ma puoi anche caricare lo script alla fine: lo richiami con l'evento onload.

Se ci dici qualcosa di piu` del tuo script possiamo forse aiutarti (eventualmente nascondi i riferimenti alle tue/loro pagine, se pubblichi lo script).