Scriviti un nuovo browser.

In realta` MS-word non fa parte del browser.
Se lo hai installato sul computer (client) e
se il browser lo "conosce" (vedi helper/applicazioni)
allora il browser sa che con documenti con estensione .doc deve aprire quell'applicazione.
Se usi IE l'applicazione ti viene aperta (di default) dentro la finestra del browser, con altri browser questo non e` vero (tipicamente).

Tutte queste cose vegono settate lato client, e JS non ha accesso a nessuna di queste regolazioni.