Allora, il "prototype" ti "libera" dal "luogo" dove è posizionato il codice, mentre con la tua tecnica la funzione "deve" considerare l'esatto percorso.

Immagino che la funzione richiamata tramite setInterval sia sul primo frame della timeline principale.
Poniamo, per pura ipotesi, che i movieclip da controllare sia a loro volta "nidificati" dentro un mc che chiamiamo "esempio".
Poniamo pure che i vari duplicati abbiano nome "mc01", "mc02" ecc.

Dall'interno dei vari clip richiami il serInterval:
setInterval(_parent._parent.beat, 100, this._name);

Ed all'interno della funzione, controlli le varibili dei vari clip in questa maniera:
esempio[whereis].variabile;