In linux si possono dedicare partizioni per ogni directory; se vuoi usare solo una partizione, devi indicargli come "mount point" "/" che è la directory root o radice (differente da /root, che è la directory dell'UTENTE root), equivalente (un po' grossolanamente) al windowsiano C:\.

il flag attivabile dovrebbe essere il flag di boot, ma considerando che linux utilizza un bootloader, generalmente installato nell'MBR, puoi anche non settarlo.