se crei un nuovo progetto java, clicchi sul destro sopra all'iconcina che rappresenta il JDK e su "configure" clicchi
su "alternate jdk" o roba del genere. Quindi fai "search installed jdk" o qualcosa di simile, eclipse ti mostrerà le versioni installate e potrai scegliere se usare la vecchia 1.4 o la 5.

Almeno questo su Eclipse 3.0 su win.