OK hai dato spiegazioni su quando vuoi che venga fatto il controllo: deve partire sull'evento onsubmit del campo form.

Allora decido io come deve essere fatto il form. Ma non te lo dico: devi scoprirlo da solo.
codice:
function controlla(ff) {
  var nom = ff.nome.value;
  var com = ff.comune.value;
  ...

  if(nom=='' && com=='') {
    alert("devi copilare ...");
    return false;
  }