La parola d'ordine quando si parla di contatori è sempre reindirizzamento

Invece di linkare direttamente a una pagina oppure ad un download linki a una pagina.php che elabora le informazioni, aggiorna i contatori quindi reindirizza alla pagina scelta.
Il tutto avviene in modo 'istantaneo' senza che il client se ne accorga attraverso il Header("Location:url")

Per esempio

codice:
href="download_manager.php?doc=testo.txt"
In download_manager.php reindirizzi a testo.txt dopo aver aggiornato il contatore di 'testo.txt'.
Eventualmente puoi fare in modo che download_manager.php se doc non è 'settato' reindirizzi alla pagina di download.
Oppure download_manager.php potrebbe essere una pagina più evoluta che dia info sulla dimesnione del file, il toatale dei download, l'ultimo aggiornamento, ecc...con un link per tornare alle pagine precedenti...(vabbè...questi sono poi i dettagli!).