Inauguro l'apertura del thread rispondendo ad una delle principali domande sull'argomento, o meglio, segnalando le due principali tipologie dei sistemi di monitoraggio.

Esistono programmi in grado di analizzare i log del server, ovvero specifici log creati dai server per tracciare l'intera attività di utilizzo.
Presentano il vantaggio di essere estremamente precisi in quanto qualsiasi attività del server a richiesta di un qualsiasi client (motore o utente) viene salvata e quindi analizzata.

La probabilità di perdere delle informazioni è pressochè nulla, ma presentano lo svantaggio di richiedere un setup ed una gestione non sempre inuitiva, oltre al fatto che necessitano accesso diretto ai log del server stesso, cosa che non sempre i piani di hosting condiviso consentono.

Esiste poi una seconda tipologia, quella dei programmi che analizzano il traffico in real time, ovvero direttamente sul momento.
Anche qui potremmo individuare diverse sottotipologie, ma mi limito a segnalare come il tracciamento avvenga mediante particolari codici inseribili nelle pagine del sito stesso.

Il problema principale è che potrebbero non considerare alcuni tipi di client, tipo motori nel caso in cui il tracciamento sia mediante una stringa in javascript.
Dal lato funzionalità possono poi integrare funzioni come il calcolo degli utenti online o altre features non disponibili tramite lettura dei log.

Non esiste essenzialmente una tipologia migliore dell'altra, è necessario valutare i singoli casi e le singole necessità.
Quello che però è importante ricordare nonostante ovvio, è che l'analisi di un log offre decisamente maggiore precisione dal punto di vista della quantità dei dati (la qualità dipende dalla bravura del programmatore che ha sviluppato il software) tracciabili.