Wow. Ho fatto qualche altra prova nel frattempo e ho ottenuto un risultato carino. Anzi, praticamente quello che volevo.
Mettendo una maschera al primo livello che ricopre tutto lo stage (per fare vedere solo quello che c'è sotto) e settando le impostazioni di pubblicazione in questo modo:

- Dimensioni: percentuale
- Larghezza: 100
- Altezza: 100
- Scala: Predefinita (mostra tutto)
- Allineamento orizzontale (centra)
- Allineamento verticale (centra)

ho ottenuto il sito perfettamente centrato, che si adatta alla finestra e che soprattutto non si deformi. Ho visto che devo mettere anche una maschera uguale nei vari swf che carico esternamente.
Spero possa esserti utile zetaweb.