Non so quanto possa esserti utile il mio consiglio,non sono un esperto, ma forse ti conviene utilizzare uno script che ti permetta di distinguere tra i vari browser e di utilizzare differenti css:

<?
$agent=getenv("HTTP_USER_AGENT");
if (preg_match("/MSIE/i", "$agent")){
$risultato="stile1.css"; #inserisci il link del css per IE
} else if (preg_match("/Mozilla/i", "$agent")){
$risultato="stile2"; #inserisci il link del css per NS
} else {
$risultato="stile1"; #inserisci il link del css per tutti gli altri Broswer
}
?>

questo è da inserire prima del tag <html>, mentre prima della chiusura del tag </head> basta inserire

<?
echo "<link rel=\"stylesheet\" href=\"$risultato\" type=\"text/css\">";
?>

per rimandare al foglio di stile