I CSS sono la scelta corretta. Devono naturalmente essere accompagnati da opportune suddivisioni della pagina (i <div> ).

JS non e` adatto a fare inclusioni: solo in rari casi si puo` usare con profitto e comunque genera codice non accessibile.

Le inclusioni lato server (fatte con SSI, ASP, PHP, ...) possono servire, ma non cambiano il problema: alla fine la pagina risultante deve essere una pagina unica suddivisa in tre <div> , e con i CSS corretti.

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Dovresti dare dimensioni verticali fisse ai due <div> sopra e sotto, mentre lasci libero il div centrale.

Se guardi nei siti dedicati ai CSS (ci sono vari link tra i "link utili" di questo forum, puoi iniziare da constile.org), trovi vari esempi di formattazione di pagine tramite CSS.