Per quanto ne so io se tu vuoi sviluppare ancora con Visual Studio 6 e non hai una licenza, allora puoi comprare una licenza di Visual Studio .NET e usare questa per VS6; visto che la vendita di VS6 non è più prevista.

Quindi se la tua domanda è:
"Posso sviluppare con VS6 avendo una licenza di VS.NET?"
La risposta è Sì.

Se invece intendi:
"La licenza di VS.NET mi permette di sviluppare sia con VS.NET che con VS6?"
La risposta è No, la licenza si applica ad un singolo prodotto.

Spero di essere stato chiaro, comunque per avere delle certezze l'unico modo è contattare telefonicamente il call center MSDN