Il modo più semplice è quello di salvare il vecchio output su di un oggetto per poi riassegnarlo:
codice:
// Salvo il vecchio output
PrintStream vecchioOutput = System.out;

// Modifico lo standard output
System.setOut( ... );

...   // Faccio quello che devo fare con il nuovo output

// Rimetto il vecchio output
System.setOut( vecchioOutput );
Ciao.