stabiliscono le regole di referenzialità esterna, cioè cosa succede a dei record quando tu modifichi o cancelli quelli collegati. Per info dettagliate consulta la documentazione di innodb.

Mi sono dimenticato di dirti una cosa importante. InnoDB e Myisam possono convivere all'interno dello stesso database, per cui potrai avere contemporaneamente tabelle innodb e myisam. Ovviamente non potrai sulle myisam non potrai usare le chievi esterne e le transazioni.