La cosa più immediata per fare un jar è:

1) Crei il file MANIFEST.MF e lo inserisci in una cartella chiamata META-INF, nel manifest inserisci i parametri come Main-Class: Main
2) Con winzip fai un archivio e cambi l'estensione da .zip a .jar.

A questo punto puoi eliminare tutti i class, fare doppio click sul .jar aprendolo con javaw e parte l'applicazione(funzia solo con le grafiche, con quelle a console non ho trovato soluzioni).

La struttura del jar deve essere:

Jar.jar
-META-INF
---MANIFEST.MF
-Main.class

Se il tuo scopo è solo raccogliere dentro Geometry.jar un insieme di classi compilate e fare una sorta di libreria da distribuire(quindi che non deve essere eseguibile da sola), devi inserire nel classpath le classi. La cosa più diretta e copiare il file jar in JAVA_HOME/jre/lib/ext in questo modo sarà riconosciuta come estensione e a compile-time e a run-time automaticamente trovota, inoltre il policy file atribuirà automaticamente tutti i permessi alle classi ritenendole trusted.