Aggiungo un appunto che può essere utile a molti.
Se si esegue un backup da shell con mysqldump la sintassi da aggiungere è --compatible=name, dove name può essere ansi, mysql323, mysql40, postgresql, oracle, mssql, db2, maxdb, no_key_options, no_table_options, or no_field_options.
Se, ad esempio si vuole fare un dump da mysql 4.1 e trasferire il db a mysql 4.0 la sintassi è la seguente:

mysqldump --compatible=mysql40 ...