dovevo immaginarlo che erano più di uno con lo stesso nome viste le parentesi quadre
quando ci sono più elementi che hanno lo stesso nome si forma una collezione
per controllare che almeno uno dei checkbox sia checkato devi scorrere e verificare tutta la collezione
codice:
var cc = document.info.elements['preferenze[]']
var almenouno=false
for(var i=0;i<cc.length;i++)
  if(cc[i].checked)almenouno=true
if(almenouno)
  alert('almeno un chekbox checkato')
else
  alert('nemmeno un checkbox è chekkato')