Il problema è solo il path.
Se rispetto alla directory base di apache lo usi dentro un'altra directory ( ad esempio /var/www/html/sito/ ) e i file di FCKeditor sono nella sotto cartella FCKeditor ( /var/www/html/sito/FCKeditor ) metti nel tag head:
<script type="text/javascript" src="/sito/FCKeditor/fckeditor.js"></script>
<script type="text/javascript">
window.onload = function(){
var oFCKeditor = new FCKeditor( 'MyTextarea' ) ;
oFCKeditor.BasePath = '/sito/FCKeditor/' ;
oFCKeditor.ReplaceTextarea() ;
}
</script>
