Questa e' la forma theta

SELECT *
FROM TAB1 AS a, TAB2 AS b
WHERE a.id_user = b.id_user
AND a.pippo = '$pippo'

corrisponde a questa forma ANSI

SELECT *
FROM TAB1 AS a
INNER JOIN TAB2 AS b ON a.id_user = b.id_user
WHERE a.pippo = '$pippo'

Sicuramente nella seconda e' piu' immediato stabilire le relazioni, pensa ad avere una decina di tabelle..... In entrambi i casi mysql deve appogiarsi ad una tabella temporanea che verra' popolata con i record che rispondono all'uguaglianza a.id_user = b.id_user su cui poi si applichera' il filtro a.pippo = '$pippo'