ok, allora, vediamo intanto di sistemare qualche piccolo problema (anche se non è fondamentale)

codice:
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
<!--
function calcola(prezzo,sconto,ulteriore) {
  if (prezzo = ""){
		var totale = "DA PREVENTIVARE";
  }else{
		var sconto = prezzo * sconto/100;
		var scontato = prezzo-sconto;
  		var ulteriore = scontato * uteriore/100;
		var totale = scontato - ulteriore;
	}
	return Math.floor(finale*100)/100;
}
</script>
Ossia mancavano dei ";"

Altro problema, hai un sacco di input con lo stesso id!!! id è univoco: un elemento, un id.

Poi, perchè non fai semplicemente
<input ... value=calcola(....)> ?

Se i valori degli argomenti da passare a calcola sono in variabili php, potresti fare

<input value="<?php echo("calcola(".$var1.",".$var2.",".$var3.");");?> ">

dove $var sono i nomi delle variabili che vuoi passare.