scrivi una riga in piu' ed evita di annidare le funzioni.
codice:
function user_get_id($user){ 
      $res = mysql_query(" 
             SELECT id 
             FROM utenti 
             WHERE username = '$user[username]' 
             and password='$user[password]' ") or die(mysql_error()); 
      return mysql_result($res, 0, 'id');
}