Ma che ci azzecca...scusa?

Con PHP generi codice HTML....lo stesso codice HTML che potresti scrivere a mano senza sapere cosa sia PHP.

Il mio dubbio è che probabilmente stai usando fogli CSS esterni e che questi non vengono inseriti perchè hai sbagliato il path.
Il path del file CSS deve essere relativo alla pagina html o php.

Controlla il codice sorgente HTML che generi