Lo script:
var tempobanner;
function eliminabanner() {
document.getElementById('banner').style.display = 'none';
}


<div id="banner">
... il tuo banner ...
</div>

Poi nel body:

<body onload="tempobanner=setTimeout('eliminabanner()',1 0000);">
...
<div id="banner">
... il tuo banner che contiene:
[img]chiusura.gif[/img]
...
</div>

L'immagine chiusura.gif deve essere la x per chiudere il banner.