se è in javascript fai attenzione agli apici.

codice:
<script language="javascript" type="text/javascript"> 
document.write('<s'+'cript language=\"javascript\" src=\"http://ad.altervista.org/alternet.ad?c=1&f=2&'+new Date().getTime()+'\"></s'+'cript>'); 
</script>
comunque per fare un contatore di click devi fare una pagina intermedia. praticamente ogni link dovrebbe puntare ad una cosa simile a contaclick.asp?id_banner=27
in questa pagina fai una select in base all'id, incrementi il campo "click" e reindirizzi all'url che dovrà essere memorizzato all'interno di un altro campo.