Per esperienza personale o visto che raramente si scende al di sotto della 900x720 (uno dei valori 'tipici')...1024x768 potrebbe essere più comune.
Non saprei esattamente ma ritengo che la 800x600 abbia una diffusione dell'ordine del 1-5%. Ma addiritura sembra che anche la 640x480 esista ancora!

Il problema però paradossalmente è un'altro.
Se è vero che la tecnologia ha fatto aumentare velocemente la risoluzione dei monitor dei computer è anche vero che ultimamente ci sono altri dispositivi che possono accedere alla rete e che usano risoluzioni ben inferiori alla 800x600!!! (palmari, cellulari, pocketPC, ecc...)
Inoltre...molti utenti prediligono avere più finestre "aperte a metà" e quindi di fatto è come avessero una risoluzione inferiore.

Forse la soluzione più elegante è abbandonare il layout fisso in favore di quello fluido o elastico.
Molti siti danno l'opzione al navigatore di scegliere tra quello fisso e quello fluido...nessun sito serio dovrebbe in ogni caso assumere una risoluzione superiore agli 800 punti orizzontali (che tolto un pò di margine si traduce in 760 punti per il contenitore).