ehm ... no ... cosi non va bene devono installarsi correttamente altrimenti le GD non possono avviare la libreria dinamica che gestisce le jpeg ...

verifica innanzi tutto che le cartelle
/usr/local/src
/usr/local/bin
/usr/local/sbin
/usr/local/etc
/usr/local/lib

esistano ... dopo di che verifica che dentro /etc/ld.so.conf ci stia
/usr/local/lib

se non c'è mettilo in fondo (lascia in fondo SEMPRE un rigo vuoto)

fatto ciò lancia ldconfig e se non ti da errore puoi procedere a ricompilare le jpeg e rifare l'installazione ... ma non usare prefix

PS: ti conviene che ti metti nella path /usr/local/bin e /usr/local/sbin ... e puoi farlo o modificando /etc/login.defs (o logins.defs ... o senza s finale ... ora non ricordo) oppure il tuo file profile di root a cui aggiungi sia sbin che bin oppure /etc/profile (o un file che fa la stessa cosa sua, ovvero lo script comune a tutti gli utenti per i profili) e li aggiungi nella path i due percorsi