certo nel select fai qualcosa tipo
<select name="dove">
<option>primacartella</option>
<option>secondacartella</option>
<option>terzacartella</option>
</select>
nello script dove mandi i file fai

if ($_POST["dove"] =="primacartella"){
$cartella = "primacartella";
}
elseif ($_POST["dove"] =="secondacartella"){
$cartella = "secôndacartella";
}
elseif ($_POST["dove"] =="terzacartella"){
$cartella = "terzacartella";
}

unlink("$cartella/$immagine");