1. Risposta strict:
I frame sono deprecati, quindi rifai il tuo sito senza frame.

Allora il tuo blocchetto non e` una finestra, e` un <div> con posizionamento assoluto, e z-index alto.

Poi con
OGGETTO.style.display="none";
lo nascondi e con
OGGETTO.style.display="block";
lo visualizzi.

La posizione e` definita dagli attributi CSS left e top.


2. Risposta transitional:
Il tuo blocchetto e` un iframe, definito da uno script del frameset, e spostato da funzioni nel frameset.