progettare con i CSS ti permette di dividere il contenuto dalla presentazione mantenendo corretto il contenuto semantico della tua pagina... ti consiglio di leggere le guide sui css di html.it per iniziare.
Leggiti anche i links in rilievo.
In futuro i browser saranno più standard (già Firefox non è male) quindi se vuoi progettare per il futuro usa i CSS (per la grafica/layout) e XHTML(per i contenuti).
Quando avverrà non si può sapere perchè come è sempre stato sarà un passaggio graduale... anche tra 5 anni ci sarà qualcuno che userà Internet Exploder 5...