Non è che le tabelle siano il male...se servono dati tabellari tanto vale usare le tabelle.

Usare le tabelle per il layout è però follia, anche nel caso di layout fissi. Non è una mania del momento.
Infatti essendo le tabelle un concetto legato al contenuto non può essere modificato con gli stili per cui sorgono grossi problemi se si decide di modificare lo stile o di mandare in stampa la pagina.
L'impiego massiccio di tabelle nel passato è stato incoraggiato fra le altre cose anche dall'impiego di generatori automatici (da desktop o lato server).
Scrivere migliaia di <tr> e <td> a mano può portare alla follia!!!

c'è un modo per inserire automaticamente nella parte centrale del layout (l'unica che cambierà da pagina a pagina) le pagine che devo ancora convertire? In pratica vorrei sapere se esiste un modo per convertire automaticamente le pagine del vecchio sito in pagine del sito con layout.
Non è possibile inserire dinamicamente contenuti in html. Usa un linguaggio lato server (php o asp meglio il primo ) per fare questo.