basta che nel file che punti metti un echo... esempio:

javascript.php
codice:
if ( $_GET['tipo'] == "1" )
{
    echo "function test() { alert ( "questa è la prima prova" ) }" ;
}
else if ( $_GET['tipo'] == "2" )
{
    echo "function test() { alert ( \"Questa è la prova n.2\") } ";
}
e poi fai
<script type="text/javscript" src="javascript.php?tipo=1"></script>

oppure

<script type="text/javscript" src="javascript.php?tipo=2"></script>