Partendo dal presupposto che certamente devi usare un linguaggio lato server...io ho risolto descrivendo l'intera mappa in un file XML. Ho poi usato un parser ('DOMIT!' per php) per navigare attraverso le directory (virtuali) e selezionare i file. Ho usato gli attributi per descrivere il tipo di item (dir o file, il tipo di documento, il link fisico al documento e altre amenità tipo un' icona descrittiva).

Qualcosa di automatico e utile dubito esista perchè dovrebbe interfacciarsi a quello che hai...per cui rischieresti di faticare maggiormente ad adattarlo che a scriverlo di tuo.

Per curiosità ho dato un'occhiata su Hotscripts.com e ho trovato questo maphp in pratica genera l'albero partendo dalla struttura fisica del filesystem (opportunamente filtrata)...però...