Ho comprato poco fa un Hd anche io. Anche io ne volevo uno da 40, mi sono dovuto accontentare del minimo: 120 Gb. A dire il vero avrei potuto avere anche quello da 80, ma avrei dovuto aspettare qualche giorno ed in più costava solo una 15ina di € in meno.
Per il resto non ho capito se adesso hai due Hd o uno solo. Se ne hai uno ti consiglio di formattare quello da 6Gb in etx3 e di montare la partizione root e quella swap. Poi magari sull'altro Hd, quello nuovo, ci metti la partizione /home in combutta con Windows così hai più spazio per dati.