Ciao KLINKO,

con quello che hai fatto tu ti da il messaggio al primo checkbox non checkato... tu devi controllarli tutti
codice:
var numerocheck=0
for(i = 0; i < window.FatturePagate.IdFattura.length; i++) 
  if(!window.document.FatturePagate.IdFattura[i].checked)
    numerocheck++
if(numerocheck==0){
  alert('Selezionare almeno un checkbox')
  return false
}else return true